甘丹寺是由宗喀巴大师于1409年在西藏创建。之后，甘丹寺蓬勃发展成为西藏最大的寺院。1959年，甘丹寺迁至南印度的孟过地区。

甘丹寺全寺分为甘丹萨济、甘丹江孜两个佛学院。它们完全相同并遵循同样的教义。分为两院纯粹是出于行政原因。

各学院的住持是由第十四世达赖喇嘛法王亲自挑选并批准。他们负责监督整个学院所有的行政事务，包括教育、基金和宗教事务。目前甘丹萨济寺的住持是尊贵的堪仁波切。